公司制证券交易所是由银行、证券公司及其他各类公司共同投资人股而建立起的公司法人。公司制的证券交易所一般是盈利性组织，但本身不直接参与证券买卖，在证券买卖中持中立的立场。
会员制证券交易所是以会员协会形式成立，不以盈利为目的的组织。其参加者一般是证券商。一般规定，只有会员及享有特许权的经纪人才有资格在交易所进行证券交易，同时，会员对交易所的责任以其交纳的会费为限。会员自制自律，互相约束。因为不以盈利为目的，所以其收取的佣金和上市费用比较低，有利于交易的活跃。我国的深圳和上海证券交易所都是会员制的。
总的来讲，公司制证券交易所与会员制证券交易所的主要区别如下：
①公司制证券交易所的参加者为经纪人;会员制证券交易所的参加者为交易所会员。
②公司制证券交易所的场内交易设备由公司自己安排，经纪人不参与;会员制证券交易所的场内交易设备由全体会员共有、共享。
③公司制证券交易所对违约买卖造成的损失有赔偿义务，同时也有权向其他违约者请求赔偿;会员制证券交易所的一切交易均由买卖双方自己负责，交易所不负责赔偿。
④公司制证券交易所一般向国库交存营业保证金或建立赔偿基金，而会员制证券交易所不用。
⑤公司制证券交易所大部分为盈利性组织，会员制证券交易所采取自治方式，不以盈利为目的。
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